Цитата: Позднее выяснили, что переплату данные сотрудники должны были получить, подав по итогам года заявления в ИФНС, правильно?
Налоговики неоднократно "сообщали" (последний раз - в
письме Минфина от 03.10.2013 № 03-04-05/41061), что имеют по этому вопросу иную точку зрения: ранее удержанный налог по ставке 30% налоговый агент может зачесть, начиная с месяца, в котором работник "превратился" в резидента.
Цитата: Подскажите, пожалуйста, что теперь должна сделать организация?
Исходя из вышесказанного - ничего. НДФЛ Вы исчислили и перечислили правильно, перед налоговой ни каких "долгов" не имеете, а, всоответствии с "разъяснением" чиновников:
Цитата:Если суммы налога на доходы физических лиц, удержанные с доходов сотрудника по ставке 30 процентов, по итогам налогового периода были зачтены не полностью и после проведения указанного зачета осталась сумма налога на доходы физических лиц, подлежащая возврату, возврат налогоплательщику указанной суммы осуществляется налоговым органом, в котором он был поставлен на учет по месту жительства (месту пребывания), в порядке, предусмотренном п. 1.1 ст. 231 Кодекса.
Цитата: Данные сотрудники в настоящий момент уже уволились из организации, выехали за пределы России...
А суммы излишне удержанного НДФЛ остались в виде их "прощального подарка" бюджету, к которому Вы уже ни какого отношения не имеете.